En los últimos años, la familia de Watson se ha ampliado a raíz de los hijos de sus padres divorciados, fruto de sus nuevos matrimonios. Su padre tiene dos niñas gemelas, Nina y Lucy y un niño de cuatro años, Toby.Del nuevo matrimonio de su madre, Watson tiene dos hermanastros a los que «ve muy a menudo».El hermano de Watson, Alexander, ha aparecido como extra en dos películas de Harry Potter, y Nina y Lucy participaron en la adaptación de la BBC, Ballet Shoes, interpretando a la joven Pauline Fossil. Tras su llegada a Oxford con su hermano y su madre, Watson se matriculó en la escuela The Dragon, un colegio privado donde permaneció hasta Junio de 2003, año en el que se matriculó en la escuela Headington, un colegio privado femenino, también en Oxford.Durante los rodajes, Watson y sus dos compañeros recibían clases con un tutor privado unas cinco horas al día.[En junio de 2006, Watson obtuvo su Certificado General de Educacion Secundaria (General Certificate of Secondary Education o, en sus siglas, GCSE) consiguiendo ocho A* (la nota más alta) y dos A de las diez asignaturas;lo que la hizo ser objeto de burlas en el set de rodaje de Harry Potter.[Al año siguiente recibió cuatro A en sus Exámenes de nivel avanzado (AS, Advanced Levels o A-level) en Inglés, Geografía, Arte e Historia del arte. El trabajo de Watson en la franquicia de Harry Potter le ha proporcionado unas ganancias de más de diez millones de libras esterlinas y ha reconocido que no volverá a necesitar trabajar nunca más para ganar dinero.Sin embargo, se ha negado a abandonar el colegio para dedicarse como actriz a tiempo completo. Según Watson: «La gente no puede entender por qué no lo hago (...) pero la escuela me mantiene en contacto con mis amigos. En contacto con la realidad». Considera que su experiencia como actriz infantil ha sido positiva y que sus padres y sus amigos le han ayudado a hacer de esa experiencia algo único.[Watson mantiene una estrecha relación con sus compañeros de reparto Daniel Radcliffe y Rupert Grint, que considera como su «único apoyo» en las tensiones de los rodajes. Watson afirma que sus intereses son bailar, cantar, el hockey sobre hierba, el tenis y el arte,y se describe a sí misma como «un poco feminista». Admira a los actores Johnny Depp y Julia Roberts (los mismos a los que admira la actriz y cantante Ashley Tisdale)